Tinatalakay sa papel ang mga pamamaraan ng pananaliksik sa Sikolohiyang Pilipino. Hinango sa karaniwang karanasan ang mga metodong hawig sa interbyu at naratibo ang mga pamamaraang pagtatanong-tanong at pakikipagkuwentuhan. Isinakatutubo ang mga metodong ito upang maibagay at maiangkop sa kalikasan ng mga gumagamit nito kung saan ang wika ng kalahok sa pananaliksik ang siyang ginagamit dito. Ang pakikipagkapwa ang lapit ng pananaliksik na ang kiling ay ang kapakanan ng kapwa, ang mga kalahok. May paki sa mga metodo ng pananaliksik na nakaugat sa kulturang Pilipino. Samantalang nakatuon ang pansin ng mananaliksik sa pag-aayos at pagsisinop ng kaalamang kinakalap mula sa katutubong karanasan, ang isinasaalang-alang sa parati ay ang pakikipagpalagayang-loob kundi man abutin ang pakikiisang-loob sa mga kalahok. Sa gayon lalong napapatibayan ng mas mataas na antas ng pagtutunguhang naaabot ng mananaliksik at kalahok ang impormasyon o ideya man na naiipon sa isinasagawang pananaliksik. Siyentipiko ang pamamaraang Sikolohiyang Pilipino sa pananaliksik sa mga larangan ng mga agham panlipunan sapagkat sistematiko ang pagsasagawa nito. Ito ay upang matunghayan ng ibang iskolar na mag-aaral sa parehong penomeno ang pagkamakatotohanan ng natutuklasan sakaling sadyaing ulitin ang pag-aaral sa ibang grupo ng kalahok o sitwasyong kinapapalooban ng mga ito.